مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی p16و بررسی اثر جهش a118t بر ساختار پروتئین
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده علوم
- نویسنده مرضیه مهرآور
- استاد راهنما نوید مقرب
- سال انتشار 1391
چکیده
p16 یک مهارکننده تومور کلیدی است که جهش آن در بیش از 70 نوع سرطان مختلف گزارش شده است. این پروتئین در شرایط استرسی، مهمترین عملکرد خود را در جهت توقف چرخهی سلولی، از طریق اتصال اختصاصی به cdk4 و cdk6 و متوقف کردن عملکرد آنها انجام میدهد. فقدان فعالیت p16 یکی از مهم-ترین وقایعی است که با سرطانهای انسانی همراه می شود. در مطالعه حاضر، برای بررسی تاثیر جهش a118tبر ساختار و عملکرد p16، ساختار پروتئینهای طبیعی و جهشیافته مدلسازی شد و در یک بازهی زمانی 50 نانوثانیهای بر روی آنها شبیهسازی دینامیک مولکولی انجام گردید. نتایج حاصل نشان داد که با ایجاد این جهش، تغییر قابل ملاحظهای درسطوح در دسترس و تحرک باقیماندههای اسیدآمینهای درگیر در اتصال با cdk روی نمیدهد از این رو انتظار نمیرود که در برهمکنش بین p16 و cdk اختلالی پیش آید، اما پس از جهش، سطوح در دسترس و تحرک باقیماندههای درگیر در مهار cdk، کاهش قابلملاحظهای نشان میدهد که این تغییر ممکن است در توانایی p16 برای مهار cdk اختلال ایجاد کند. بعلاوه، نتایج شبیهسازی دینامیک مولکولی نشان داد که که در حضور این جهش آرایش فضایی دسته هلیکسی انتهای کربوکسیلی به هم میریزد. این نقص ساختاری ممکن است به طور غیرمستقیم، درعملکرد p16 اختلال ایجاد نماید. در کل، مطالعه ما ممکن است توضیح دهد که چگونه جهش a118t منجر به نقصان فعالیت کاتالیتیکی p16 میگردد.
منابع مشابه
مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی p53 و بررسی اثر جهش g245s بر ساختار پروتئین
پروتئین p53، یک مهارکنندهی تومور کلیدی در سلول است که به هنگام آسیب به dna فعال میشود و مهمترین عملکرد خود که توقف چرخهی سلولی و آپاپتوز است را انجام میدهد. پروتئین p53 در بیش از 50% سرطانها جهش مییابد و 99% این جهشها در دمین اتصالی به dna رخ میدهد. موقعیت اکثر این جهشها (بیش از 90%) در لوپهای سطحی پروتئین (لوپهای l3 و l2) و موتیف lsh (loop sheet helix) جای گرفته است. لوپهای سطحی ...
مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی survivin و بررسی اثر جهش t34a بر ساختار پروتئین
survivin پروتئینی است که مرگ برنامهریزی شده سلول (آپاپتوز) را مهار نموده و چرخه تقسیم سلولی را نیز تنظیم مینماید. این پروتئین به شدت در اغلب تومورهای انسانی بیان میشود، اما در اکثر بافتهای طبیعی تمایزیافته قابل شناسایی نیست. از میان مطالعات مرتبط با تاثیر جهشهای مهارکننده survivin در سلولهای سرطانی، فرم جهشیافته t34a مورد توجه بیشتری قرار گرفته است. نتایج به دست آمده از مدلسازی و شبیه...
15 صفحه اولمدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی پروتئین shp-2 و بررسی اثر جهش y63c بر ساختار آن
پروتئین shp-2 یکی از تیروزینفسفاتازهای مهم در مسیرهای پیامرسانی سلولهای انسانی است. این پروتئین شامل یک دومین کاتالیتیک (ptp) و دو دومین تنظیمی c-sh2) و (n-sh2 است. وقوع برخی از جهشهای تغییردهندهی معنا در ژن ptpn11 که کدکنندهی shp-2 است، این آنزیم را فعالتر کرده و منجر به بروز برخی ناهنجاریهای ژنتیکی، از جمله سندرم نونان میگردد. برای بررسی اثر جهش فعالکنندهی تیروزین 63 به سیستئین بر...
مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدیstk11/ lkb1 و بررسی اثر جهش d194a بر ساختار آنزیم
ژن lkb1 یکی از پروتئینهای خانواده سرین-ترئونین کیناز سلولی را رمز مینماید که قطبیت و تکثیر سلولهای اپیتلیال را متناسب با وضعیت انرژی سلول تنظیم میکنند. جهشهای غیرفعال کننده در این ژن به سندروم peutz-jeghers منجر می شوند که در افراد مبتلا، استعداد ابتلا به انواع سرطانها افزایش مییابد. lkb1 با اتصال به یک سودوکیناز غیرفعال به نام strad و یک پروتئین آداپتور به نام mo25 فعال میشود. در این ...
مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی cdk2 و بررسی اثر جهش e172a بر ساختار آنزیم
از ویژگیهای پروتئین کینازهای یوکاریوتیک، وجود دو ناحیه ساختاری با هم تکاملیافته قطعه فعالکننده و زیردمین ghi میباشد. قطعه فعالکننده بین و شامل دو موتیف حفاظتشده آسپارتات-فنیلآلانین-گلیسین (dfg) و آلانین-پرولین-گلوتامات (ape) میباشد و زیردمین ghi نیز از مارپیچهای g، h و i تشکیل شده است. این دو قطعه توسط پلنمکی حفاظتشدهایی که بین گلوتامیکاسید موتیف ape و آرژنینی که در زیردمین ghi ق...
شناسایی ساختار مولکولی پروتئین غشاء تیلریا آنولاتا
مقدمه و هدف: تشخیص متداول دو بیماری تیلریوز و بابزیوز در ایران بر اساس رنگ آمیزی گسترش ها ی خونی دامهای مشکوک با رنگ گیمسا می باشد. این نوع رنگ آمیزی بعنوان یک روش ساده ، ارزان و قابل استفاده در تمام آزمایشگاهها مطرح می باشد. اما از آنجایی که این رنگ آمیزی غیر اختصاصی است لذا تشخیص و تفکیک جنس و گونه اجرام انگلی بسیار مشکل و نیاز مند تجربه تخصصی بالا می باشد. برای مثال در بعضی موارد بعلت ...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده علوم
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023