مدل‏سازی و شبیه‏سازی دینامیک مولکولی ساختار سه‏بعدی p16و بررسی اثر جهش a118t بر ساختار پروتئین

پایان نامه
  • وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده علوم
  • نویسنده مرضیه مهرآور
  • استاد راهنما نوید مقرب
  • سال انتشار 1391
چکیده

p16 یک مهارکننده تومور کلیدی است که جهش آن در بیش از 70 نوع سرطان مختلف گزارش شده ‏است. این پروتئین در شرایط استرسی، مهمترین عملکرد خود را در جهت توقف چرخه‏ی سلولی، از طریق اتصال اختصاصی به cdk4 و cdk6 و متوقف کردن عملکرد آنها انجام می‏دهد. فقدان فعالیت p16 یکی از مهم-ترین وقایعی است که با سرطان‏های انسانی همراه می شود. در مطالعه حاضر، برای بررسی تاثیر جهش a118tبر ساختار و عملکرد p16، ساختار پروتئین‏های طبیعی و جهش‏یافته مدل‏سازی شد و در یک بازه‏ی زمانی 50 نانوثانیه‏ای بر روی آنها شبیه‏سازی دینامیک مولکولی انجام گردید. نتایج حاصل نشان داد که با ایجاد این جهش، تغییر قابل ملاحظه‏ای درسطوح در دسترس و تحرک باقی‏مانده‏های اسیدآمینه‏ای درگیر در اتصال با cdk روی نمی‏دهد از این رو انتظار نمی‏رود که در برهمکنش بین p16 و cdk اختلالی پیش ‏آید، اما پس از جهش، سطوح در دسترس و تحرک باقی‏مانده‏های درگیر در مهار cdk، کاهش قابل‏ملاحظه‏ای نشان می‏دهد که این تغییر ممکن است در توانایی p16 برای مهار cdk اختلال ایجاد ‏کند. بعلاوه، نتایج شبیه‏سازی دینامیک مولکولی نشان داد که که در حضور این جهش آرایش فضایی دسته هلیکسی انتهای کربوکسیلی به هم می‏ریزد. این نقص ساختاری ممکن است به طور غیرمستقیم، درعملکرد p16 اختلال ایجاد نماید. در کل، مطالعه ما ممکن است توضیح دهد که چگونه جهش a118t منجر به نقصان فعالیت کاتالیتیکی p16 می‏گردد.

منابع مشابه

مدل‏سازی و شبیه‏سازی دینامیک مولکولی ساختار سه‏بعدی p53 و بررسی اثر جهش g245s بر ساختار پروتئین

پروتئین p53، یک مهار‏کننده‏ی تومور کلیدی در سلول است که به هنگام آسیب به dna فعال می‏شود و مهمترین عملکرد خود که توقف چرخه‏ی سلولی و آپاپتوز است را انجام می‏دهد. پروتئین p53 در بیش از 50% سرطان‏ها جهش می‏یابد و 99% این جهش‏ها در دمین اتصالی به dna رخ می‏دهد. موقعیت اکثر این جهش‏ها (بیش از 90%) در لوپ‏‏های سطحی پروتئین (لوپ‏های l3 و l2) و موتیف lsh (loop sheet helix) جای گرفته است. لوپ‏های سطحی ...

مدل‏سازی و شبیه‏سازی دینامیک مولکولی ساختار سه‏بعدی survivin و بررسی اثر جهش t34a بر ساختار پروتئین

survivin پروتئینی است که مرگ برنامه‏ریزی شده سلول (آپاپتوز) را مهار نموده و چرخه تقسیم سلولی را نیز تنظیم می‏نماید. این پروتئین به شدت در اغلب تومورهای انسانی بیان می‏شود، اما در اکثر بافت‏های طبیعی تمایز‏یافته قابل شناسایی نیست. از میان مطالعات مرتبط با تاثیر جهش‏های مهارکننده survivin در سلول‏های سرطانی، فرم جهش‏یافته t34a مورد توجه بیشتری قرار گرفته است. نتایج به دست آمده از مدل‏سازی و شبیه‏...

15 صفحه اول

مدل‏سازی و شبیه‏سازی دینامیک مولکولی ساختار سه‏بعدی پروتئین shp-2 و بررسی اثر جهش y63c بر ساختار آن

پروتئین shp-2 یکی از تیروزین‏فسفاتازهای مهم در مسیرهای پیام‏رسانی سلول‏های انسانی است. این پروتئین شامل یک دومین کاتالیتیک (ptp) و دو دومین تنظیمی c-sh2) و (n-sh2 است. وقوع برخی از جهش‏های تغییر‏دهنده‏ی معنا در ژن ptpn11 که کدکننده‏ی shp-2 است، این آنزیم را فعال‏تر کرده و منجر به بروز برخی ناهنجاری‏های ژنتیکی، از جمله سندرم نونان می‏گردد. برای بررسی اثر جهش فعال‏کننده‏ی تیروزین 63 به سیستئین بر...

مدل‏سازی و شبیه‏سازی دینامیک مولکولی ساختار سه‏بعدیstk11/ lkb1 و بررسی اثر جهش d194a بر ساختار آنزیم

ژن lkb1 یکی از پروتئین‏های خانواده سرین-ترئونین کیناز سلولی را رمز می‏نماید که قطبیت و تکثیر سلولهای اپیتلیال را متناسب با وضعیت انرژی سلول تنظیم می‏کنند. جهش‏های غیر‏فعال کننده در این ژن به سندروم peutz-jeghers منجر می شوند که در افراد مبتلا، استعداد ابتلا به انواع سرطان‏ها افزایش می‏یابد. lkb1 با اتصال به یک سودوکیناز غیر‏فعال به نام strad و یک پروتئین آداپتور به نام mo25 فعال می‏شود. در این ...

مدل‏سازی و شبیه‏سازی دینامیک مولکولی ساختار سه‏بعدی cdk2 و بررسی اثر جهش e172a بر ساختار آنزیم

از ویژگی‎های پروتئین‏ کینازهای یوکاریوتیک، وجود دو ناحیه ساختاری با هم تکامل‏یافته قطعه فعال‎کننده و زیردمین ghi می‏باشد. قطعه فعال‎کننده بین و شامل دو موتیف حفاظت‏شده آسپارتات-فنیل‏آلانین-گلیسین (dfg) و آلانین-پرولین-گلوتامات (ape) می‏باشد و زیردمین ghi نیز از مارپیچ‏های g، h و i تشکیل شده است. این دو قطعه توسط پل‏نمکی حفاظت‏شده‏‏ایی که بین گلوتامیک‎اسید موتیف ape و آرژنینی که در زیردمین ghi ق...

شناسایی ساختار مولکولی پروتئین غشاء تیلریا آنولاتا

 مقدمه و هدف: تشخیص متداول دو بیماری تیلریوز و بابزیوز در ایران بر اساس رنگ آمیزی گسترش ها ی خونی دامهای مشکوک با رنگ گیمسا می باشد. این نوع رنگ آمیزی بعنوان یک روش ساده ، ارزان و قابل استفاده در تمام آزمایشگاهها مطرح می باشد. اما از آنجایی که این رنگ آمیزی غیر اختصاصی است لذا تشخیص و تفکیک جنس و گونه اجرام انگلی بسیار مشکل و نیاز مند تجربه تخصصی بالا می باشد. برای مثال در بعضی موارد بعلت ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده علوم

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023